1、劃清罪與非罪的界限問題。如果行為人沒有違反交通運輸管理法規(guī)，或者并未導致交通事故的發(fā)生，或者雖然發(fā)生了交通事故，但并未致人重傷、死亡或者使公私財產(chǎn)遭受損失的，不構(gòu)成犯罪。

2、劃清交通肇事罪與破壞交通工具罪的界限問題。兩者侵犯的客體都是交通運輸?shù)闹刃蚝桶踩渲饕獏^(qū)別在于：第一、客觀方面的表現(xiàn)不同。前者表現(xiàn)為違反交通管理法規(guī)而發(fā)生重大交通事故，致使人員傷亡或者使公私財產(chǎn)遭受重大損失的行為；而后者表現(xiàn)為實施破壞火車、汽車、電車、船只、航空器，足以使火車、汽車、電車、船只、航空器發(fā)生傾覆、毀壞危險，危害公共安全的行為。第二、主觀方面的內(nèi)容不同。前者有過失構(gòu)成；而后者是由故意構(gòu)成。

3、關(guān)于判定交通肇事罪是否以交管部門出具的責任認定意見為依據(jù)的問題。在2000年11月21日最高人民法院《關(guān)于審理交通肇事刑事案件具體應(yīng)用法律若干問題的解釋》中強調(diào)，分清事故責任是認定交通肇事罪的基礎(chǔ)。根據(jù)國務(wù)院于1991年9月22日發(fā)布的《道路交通事故處理辦法》第十八條的規(guī)定，交通事故責任分為全部責任、主要責任、同等責任和次要責任。從有關(guān)部門提供的的情況看，負事故次要責任的情形，由于其違章行為在交通事故中作用較小，損失后果不大，一般作行政處罰，不需追究刑事責任。對發(fā)生的重大交通事故承擔其他幾種責任的情形，則確有追究刑事責任的必要。在論證過程中，一種意見認為：由于缺乏統(tǒng)一的定責標準，在認定事故責任方面存在著隨意性較大、定責失衡等問題，建議在認定交通肇事罪問題上，可否不以交管部門出具的責任認定意見為依據(jù)。誠然，認定交通肇事罪的焦點問題集中在事故的認定和責任的分析上，比較特殊也很復雜。但是，如果不以此為前提，則無法判定交通肇事行為人與肇事后果間的因果關(guān)系，更無法確定其應(yīng)當承擔的是行政責任還是刑事責任。有關(guān)事故責任認定方面的統(tǒng)一執(zhí)法標準雖然仍需國家有關(guān)主管部門進一步規(guī)范，但在目前的條件下，還應(yīng)堅持以交管部門認定的事故責任來認定交通肇事罪的前提條件。此外，“兩高”于1987年8月21日發(fā)布的《關(guān)于嚴格依法處理道路交通肇事案件的通知》中也有類似的表述，上述解釋延續(xù)了相關(guān)規(guī)定。

4、關(guān)于交通肇事罪中財產(chǎn)損失的認定問題。刑法第一百三十三條規(guī)定，發(fā)生重大交通事故，造成公私財產(chǎn)遭受重大損失的，依法追究刑事責任。對于“公私財產(chǎn)”是否包括肇事者個人財產(chǎn)問題，在有些情況下，就成為區(qū)分罪與非罪的界限。有的案件，肇事者造成的公共財產(chǎn)和他人財產(chǎn)損失數(shù)額不大，但自身遭受的財產(chǎn)損失慘重（如名貴車肇事與低檔車俱毀）。有的人認為，在這種情況下如果僅認定公共財產(chǎn)和他人的財產(chǎn)損失，數(shù)額不大的，則不構(gòu)成交通肇事罪；如果將其自身財產(chǎn)一并計入損失數(shù)額，就可能符合定罪條件。因此，本著從嚴懲處這類犯罪的需要，應(yīng)當將肇事人的個人財產(chǎn)損失一并計入損失數(shù)額。但是，交通肇事罪的危害在于對公共財產(chǎn)、他人人身及其財產(chǎn)造成的損失，其自身的財產(chǎn)損失應(yīng)當視為肇事人為自己的違章行為承擔的經(jīng)濟責任，而不應(yīng)將其作為承擔刑事責任的條件。因此，上述解釋第二條中關(guān)于“造成公共財產(chǎn)或者他人財產(chǎn)直接損失”承擔刑事責任的規(guī)定，是符合立法本意的。

5、關(guān)于肇事后逃逸的問題?！敖煌ㄕ厥潞筇右荨笔?997年刑法關(guān)于交通肇事罪增加規(guī)定的的加重處罰的情節(jié)。實踐中，交通肇事后的逃逸行為具有較大的危害性，往往導致被害人無法得到救助、損失無法得到賠償、案件查處難度增大等等，必須依法予以嚴懲。解釋第三條規(guī)定：“‘交通運輸肇事后逃逸’是指行為人具有本解釋第二條第一款和第二款（一）至（五）項規(guī)定的情形之一，在發(fā)生交通事故后，為逃避法律追究而逃跑的行為?！边@一解釋首先，將認定交通肇事后逃逸的前提條件界定為“逃避法律追究”。實踐中，肇事人逃跑的目的大多是想逃避法律追究，但也有少數(shù)人逃跑的目的是怕受害方或者其他圍觀群眾對其進行毆打等等。同樣是逃跑，但這些人往往在逃離現(xiàn)場后，能夠通過報告單位領(lǐng)導或者報警等方式，接受法律的處理。因此，對逃跑行為作上述區(qū)分是必要的，以保證準確適用法律，不枉不縱。其次，所規(guī)定的“逃跑”，并沒有時間和場所的限定。在論證過程中，有的人認為，交通肇事后逃逸，應(yīng)當理解為“逃離事故現(xiàn)場”的行為，實踐中大多也是這種情況。但是，據(jù)交管部門提供的情況，有的肇事人并未在肇事后立即逃離現(xiàn)場（有的是不可能逃跑），而且在將傷者送至交管部門處理時逃跑，類似的情形也有很多。如果僅將逃逸界定逃離現(xiàn)場，那么性質(zhì)同樣惡劣的逃避法律追究的行為就得不到嚴懲，可能會影響對這類犯罪行為的懲處力度。因此，只要是在肇事后為逃避法律追究而逃跑的行為，都應(yīng)視為“交通肇事后逃逸”。