雖然用人單位有依法制定內部薪酬分配制度的自主權，但內部薪酬分配制度的制定和執(zhí)行須符合相關法律的規(guī)定。

《中華人民共和國勞動法》第四十七條規(guī)定：用人單位根據(jù)本單位的生產經營特點和經濟效益，依法自主確定本單位的工資分配方式和工資水平。第四十八條規(guī)定：國家實行最低工資保障制度。

《最低工資規(guī)定》（勞動和社會保障部令第21號）第三條規(guī)定：本規(guī)定所稱最低工資標準，是指勞動者在法定工作時間或依法簽訂的勞動合同約定的工作時間內提供了正常勞動的前提下，用人單位依法應支付的最低勞動報酬。 從上述條款可知，用人單位可以依法自主確定本單位的工資分配方式和工資水平，并與勞動者進行相應約定，但不得違反法律關于最低工資保障、加班費支付標準的規(guī)定。

但根據(jù)員工實際工作時間折算，即使按照當?shù)刈畹凸べY標準認定員工法定標準工作時間工資，并以此為基數(shù)核算加班費，超過公司與員工約定工資，表明公司未依法足額支付員工加班費。這種包薪制度就是不合法的。

實行包薪制的用人單位應嚴格按照不低于最低工資標準支付勞動者法定標準工作時間的工資，同時按照國家關于加班費的有關法律規(guī)定足額支付加班費。